С самого основания ЗАО «Петербургский НИПИГрад» был вовлечен в работу по формированию новых, рыночных принципов градостроительного планирования. Работа охватывала все направления проектного действия – от целеполагания на уровне города до регламентирования застройки земельных участков. В конце 90-х годов Институт участвовал в разработке Стратегического плана Санкт-Петербурга. Позднее, совместно со специалистами Леонтьевского центра социально-экономических исследований, институт разработал Единую геоинформационную систему «Развитие территории и недвижимости Санкт-Петербурга» (ЕИСТ), ориентированную на предоставление информации потенциальным инвесторам.

В 2000-е гг. ЗАО «Петербургский НИПИГрад» разработал свыше 70 проектов планировки и проектов межевания на территории Санкт-Петербурга и Ленинградской области.

Главными выполненными работами ЗАО «Петербургский НИПИГрад» являются, безусловно, Генеральный план Санкт-Петербурга (утвержден в статусе Закона в 2005 г.) и Правила землепользования и застройки Санкт-Петербурга. За подготовку этих документов народный архитектор России Валентин Федорович Назаров в 2011 году был удостоен высшей награды Международного союза архитекторов в номинации «Градостроительство» — премии сэра Патрика Аберкромби.

Среди наиболее крупных территориальных проектов, выполненных ЗАО «Петербургский НИПИГрад» — «Балтийская жемчужина», «Северная долина», «Юнтолово» (конкурсный проект).

Институт  участвовал также в подготовке проекта Схемы территориального планирования  Российской Федерации применительно к территориям республики Крым и города Севастополя в отношении областей федерального транспорта и автомобильных дорог федерального значения.